真菌角膜炎的診斷必須借助于實驗室的檢查方法，最簡單的方法是可以通過角膜刮片，之后用10%的氫氧化鉀在普通光鏡下能看到菌絲，就能夠確診真菌角膜潰瘍，這是一種有創(chuàng)的檢查方法。 此外，還有無創(chuàng)的檢查方法，即角膜共焦顯微鏡，這種共焦顯微鏡類似于活體病理檢查設(shè)備，在滴上表麻藥以后，可以通過活體的角膜共聚焦顯微鏡查到角膜里面的菌絲。如果看到有菌絲分布，即可確診為真菌角膜潰瘍。