小針刀是一種較好的治療手段，使用過程中應嚴格遵守其適應癥，不要盲目進行操作。常見副作用包括切割瘢痕組織時，可能會損傷到正常組織。如治療頸椎疾病時，一旦超出安全范圍，可能會損傷到血管、神經等正常組織。因此，需要操作者熟悉其骨性標志和解剖位置，操作過程中，將立體解剖和影像解剖結合起來，這樣才能達到較理想的效果，從而避免副作用。