不同的先心病手術的時機是不一樣的。簡單先心病且分流量不大的患兒，可在1歲至學齡前進行手術；復雜先心病但缺氧不明顯者，可在新生兒期后或6個月后再行手術；病情嚴重者，如完全性大動脈錯位，肺靜脈異位引流等，出生后即應立刻行急性或亞急性手術；部分病情復雜者，1歲內行手術風險較大，可對患兒進行維持治療，在患兒年齡稍大后再行手術治療。