黃連是常用的中藥，在中藥的藥性理論中有一種屬性稱為毒性，有部分中藥標明具有毒性，比如朱砂、牽牛子、附子，這些毒性中藥具有較明顯的副作用，使用時要謹慎。大部分類中藥沒有標注毒性，這些沒有標注毒性的中藥實際在應用上比較安全，它的副作用較小。 黃連是沒有標注毒性的安全性相對較高的中藥。對于黃連副作用，往往從四氣和五味角度來看，黃連是苦寒中藥，寒性中藥長期服用時或者短期大量服用時會對脾胃功能造成損傷，會敗損脾陽，可能出現(xiàn)腹痛、惡心、干嘔、腹瀉等副作用，這是黃連最常見的副作用。 同時，中醫(yī)理論認為苦能燥、能瀉，苦味中藥長期使用時會造成陰虛、干燥癥狀，而這些也是黃連的副作用。