巧克力囊腫是子宮內(nèi)膜異位囊腫，一般正常子宮內(nèi)膜在宮腔，有的病人因發(fā)生外在型子宮內(nèi)膜異位癥引起。外在型子宮內(nèi)膜異位癥是指有正常功能子宮內(nèi)膜生長(zhǎng)至卵巢，隨月經(jīng)周期子宮內(nèi)膜剝脫、出血形成巧克力囊腫，也叫子宮內(nèi)膜異位囊腫。該類囊腫多數(shù)表現(xiàn)為雙側(cè)卵巢都發(fā)現(xiàn)，可導(dǎo)致盆腔、輸卵管粘連，引起不孕癥。卵巢囊腫來源較多，如上皮性卵巢囊腫、漿液性卵巢囊腫、黏液性卵巢囊腫、生殖細(xì)胞、性索間質(zhì)細(xì)胞、轉(zhuǎn)移性腫瘤等良性、惡性、交界性腫瘤。卵巢囊腫一般在腹腔中，比較輕，活動(dòng)度較好，不像巧克力囊腫可導(dǎo)致盆腔廣泛粘連，這是最主要、最大區(qū)別。