體外沖擊波碎石對人體組織、器官具有一定的損害，應用不當也可能導致多種損傷，如腎臟損傷、腎被膜下出血等。 男性患者可能會對精子產生一定影響，一般三個月以后能恢復正常，因此需嚴格把握手術的適應癥及禁忌癥，同時需注意患者有無嚴重的合并癥。 通常體外沖擊波碎石導致的腎臟和輸尿管的損傷比較輕微，2周以內能自行恢復，較為安全可靠。