巧克力囊腫并非根治，而是可以有效祛除病灶、控制復發(fā)。通過用藥、妊娠或其他方法，達到防止巧克力囊腫復發(fā)的目的即可。臨床上并非所有巧克力囊腫均會復發(fā)，通常因人而異，具體治療如下：1、囊腫剝除術：巧克力囊腫為子宮內膜異位性的疾病，在予以巧克力囊腫剝除之后，可能會有復發(fā)；2、妊娠：在預防復發(fā)角度上，通常提倡早生育，在孕期能夠讓子宮內膜異位病灶出現萎縮改變，預防反復發(fā)作；3、避孕藥：如果短時間內無孕育需求需避孕時，可應用避孕藥物，以減少卵巢排卵，對于防止巧克力囊腫復發(fā)有一定效果；4、其他：較嚴重的子宮內膜異位癥，還可應用孕三烯酮、達那唑或GnRHa，通過假絕經療法抑制卵巢功能，可減少巧克力囊腫復發(fā)比例。 巧克力囊腫為卵巢子宮內膜異位囊腫，由于子宮內膜易異位在卵巢部位，導致月經期子宮內膜剝脫出血時，異位到卵巢內部的活性子宮內膜也能剝脫出去，久而久之出血無辦法引流時，將會形成囊腫。由于囊腫水分被吸收，將會有較多鐵元素沉積，囊腫逐漸黏稠、顏色逐漸加深，逐漸形成如巧克力樣的液體。