目前研究已經證實，食物與腸道菌群有著密切的相關性。常見水果、蔬菜、紅酒、茶等，均能與腸道菌群共存，酸奶與腸道菌群為正相關，適當進食酸奶有益于腸道菌群。 而碳水化合物含量比較高的食物，尤其是油炸食物與腸道菌群無相關性，甚至會引起腸道菌群紊亂。例如現在很多青少年兒童喜好碳酸飲料，這類食物不利于腸道菌群的調整，建議少喝或不喝。